Markdown+pandoc科技论文写作方案

周末了，早上起来外边还在下小雨，站在阳台上看了会雨。阳台前边就是一个很大的公园，
早起的鸟儿已经开始忙碌了，我竟然在窗口那棵树上看到了一只彩色的小鹦鹉，非常漂亮。

中午吃过饭做城铁来到办公室，手边一杯咖啡，开始想要把这几天困扰我的一个问题解
决掉。

一直在用LaTeX写论文，很好很强大，对数学公式的支持几乎可以用完美来形容。但
是只有一个问题，每次当我写好东西想要发给导师或者同事开始协同写作的时候，LaTeX
到PDF然后到Word文档的转换成了一个比较麻烦的事情。当我从PDF中拷贝粘贴文本
到Word的时候，格式全乱掉，数学公式一团糟。之后手动调整格式的过程让使用LaTeX
写作的优势看起来似乎抵消掉。

我不打算也知道很难劝说导师和周围的人都使用LaTeX，实话说，LaTeX的好处用过的
都知道。但是，当科学写作更多的需要协作的时候，除非周围的人都使用LaTeX，否则
每次转换格式都会浪费许多时间，而且也容易出错。

于是想要寻找一个LaTeX的替代解决方案，并非完全要放弃LaTeX。因为科技论文写作
不可避免要有许多数学符号和公式。而且许多期刊都提供了LaTeX模板，因此如果这种
替代方案需要让我完全放弃LaTeX，我也会有些犹豫的。

好在发现了Markdown，更确切的说，是发现了Markdown＋Pandoc的组合。

什么是Markdown？
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简单一句话就是：用纯文本写作，同时用直观的轻量级标记来格式化文档。

为什么要使用纯文本创作？
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我的哲学是，任何基于字符的创作都应该是内容至上（除了书法）。这包括写小说，写
论文，或者是写代码。在创作过程中，尤其是前期创作中，任何格式都是一种多余。这
一点大家可以想像一下作家用纸笔写小说，纸上总不能高亮或者加粗吧？用内容说话才
是王道。

什么是Pandoc？
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Markdown本身是为了方便输出到HTML格式的。可是后来大家不局限于只是生成HTML
网页，而Pandoc就是为了解决这种需要。通过Pandoc，原始的Markdown文本可以顺利
的转换成Word文档（.docx），OpenOffice文档（.odt），或者是TeX文档（.tex）。

为什么Markdown+Pandoc的组合让我动心？
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1. 轻量、简单易学、上手容易。实话说学LaTeX已经花了不少功夫，我不想再学习另一种
复杂的语言，只是为了写作文章。Markdown符合需求。
2. 能够顺利转换成Word文档。毕竟周围的人用Word还是不少，能够顺利和他们分享文档
也是我的基本需求之一。这点Pandoc可以解决。
3. 能够转成TeX文档。这个对我来说也是必须的，目前为止Markdown对数学和表格的支持
还是有些弱。Pandoc可以将Markdown转到TeX文件，这一点对我来说吸引力非常大。

如何配置Mardown+Pandoc？
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几乎不需要配置。下载Pandoc安装就行。五分钟就可以搞定上手。
MD的介绍可以看这里：[维基百科Markdown](http://zh.wikipedia.org/wiki/Markdown)
Pandoc的介绍可以看这里：[Pandoc用户指南](http://www.ituring.com.cn/article/746)

我现在的写作流程
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1. Vim中写作MD原始文本
2. 需要分享时通过Pandoc转换为.docx
3. 需要发表到学术期刊时，通过pandoc转为TeX，然后调用期刊的LaTeX模板，生成PDF。

这样，既避免了转到另一种更复杂的解决方案，同时能够保证和同事之间的分享。而且最重要
的是没有放弃LaTeX，保留了后期转到LaTeX的灵活性。

有哪些问题？
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当然，这种解决方案并非完美，目前来看问题主要有：
1. 数学公式。Pandoc虽然可以把LaTeX math渲染成很漂亮的HTML公式，但是目前来看
似乎无法很好的渲染到.docx文档中。也有可能是因为我电脑上没有装Office，而是用苹果
的Pages，所以不支持MOMML（Microsoft's Office Math Markup Language）语言？好吧，
看来又是一个编辑器专用的东西。那么数学公式怎么办呢？我现在的办法是，依然用TeX
Math直接在Markdown中写数学公式，转好DOCX文件之后，\begin{equation}和\end{equation}
之间的部分不会输出，我再用LaTeX it！（一个小工具，转LaTeX数学公式到PDF或者图片，
非常简单，拷贝粘贴就行）插入到DOCX文档中。我不是搞数学或者物理的，文章中公式并
不是很多，因此，这并不是太大的问题。

2. 参考文献。用Markdown+Pandoc的话，当然可以直接使用Pandoc的文献插入格式。但是
这里有一个问题，因为我需要后期转到TeX文档，现在看来Pandoc在把MD转到TeX之后，
仍然保留的Pandoc的cite key{author:year}，而不是LaTeX的cite key （\cite{author:year}）。
但是，这个世界总是有很多办法的。我的办法就是，直接插入Papers2（文献管理软件）的
cite key，对于上边那篇文献，Papers2的cite key长这个样子：{author:year}。当我生成DOCX
之后，{author:year}依然保留在DOCX文件中，然后我只需要很简单的用Papers2格式化一下
文档就行（超级简单）。那么转到TeX中呢，{author:year}依然保留，不过变成这个样子了：
\{author:year}。大家可以看到，这里和LaTeX的cite key唯一不同的地方就是，\{author:year\}
之间少了个cite，然后第二个大括号的前边多了一个“\”。哈哈，有办法了。直接用Vim的查找
替换。首先，替换前边的"\{"为"\cite{"：在Vim中输入：:%s/\\{/\\cite{/g 。然后替换后边的"\}"
为"}"：:%s/\\}/}/g 。经过这两步，本来还是\{author:year\}的cite key就变成了LaTeX的cite
key \cite{author:year}了。

搞定！Perfect！

好了，现在可以放心的用Markdown＋Pandoc的组合来写论文了，插数学公式或者参考文献
都没有问题。同时既保留了Markdown的轻量，同时可以无缝转换到其它文档格式，最关键
的是，和LaTeX也有非常完美的结合。

下一步，就是怎么想办法诱惑周围的人（包括导师和同事）也开始放弃Word，来使用Markdown
写论文了。更大的理想是，通过使用纯文本写作，再结合GitHub进行协作，实行版本控制，
commit, push, pull。。。你懂的。。。。

原文：http://www.douban.com/note/245109923/